Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Quake 3 unterstützt mindestens 12 verschiedene Dateiendungen. Die von Quake 3 unterstützten Basisdateien sind .PK3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Quake 3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Quake 3 verwendet werden.
Mit Quake 3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Quake 3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Quake 3 unterstützten Dateiformat zu speichern.