Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PADGen unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von PADGen unterstützten Basisdateien sind .PML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PADGen zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PADGen verwendet werden.
Mit PADGen können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PADGen öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PADGen unterstützten Dateiformat zu speichern.