Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. J. River Media Center unterstützt mindestens 7 verschiedene Dateiendungen. Die von J. River Media Center unterstützten Basisdateien sind .CDA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in J. River Media Center zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von J. River Media Center verwendet werden.
Mit J. River Media Center können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über J. River Media Center öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von J. River Media Center unterstützten Dateiformat zu speichern.