Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Advanced Encryption Package unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Advanced Encryption Package unterstützten Basisdateien sind .AEPKEY. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Advanced Encryption Package zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Advanced Encryption Package verwendet werden.
Mit Advanced Encryption Package können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Advanced Encryption Package öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Advanced Encryption Package unterstützten Dateiformat zu speichern.