Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Zune unterstützt mindestens 10 verschiedene Dateiendungen. Die von Zune unterstützten Basisdateien sind .MP4. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Zune zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Zune verwendet werden.
Mit Zune können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Zune öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Zune unterstützten Dateiformat zu speichern.