Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ZModeler unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von ZModeler unterstützten Basisdateien sind .DFF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ZModeler zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ZModeler verwendet werden.
Mit ZModeler können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ZModeler öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ZModeler unterstützten Dateiformat zu speichern.