Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. yWriter unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von yWriter unterstützten Basisdateien sind .YW5. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in yWriter zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von yWriter verwendet werden.
Mit yWriter können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über yWriter öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von yWriter unterstützten Dateiformat zu speichern.