Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Yugioh Card Maker unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Yugioh Card Maker unterstützten Basisdateien sind .YCM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Yugioh Card Maker zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Yugioh Card Maker verwendet werden.
Mit Yugioh Card Maker können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Yugioh Card Maker öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Yugioh Card Maker unterstützten Dateiformat zu speichern.