Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator unterstützten Basisdateien sind .Y3A. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator verwendet werden.
Mit Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator unterstützten Dateiformat zu speichern.