Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Yookoo unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Yookoo unterstützten Basisdateien sind .YOOKOO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Yookoo zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Yookoo verwendet werden.
Mit Yookoo können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Yookoo öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Yookoo unterstützten Dateiformat zu speichern.