Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Yayoi Accounting unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Yayoi Accounting unterstützten Basisdateien sind .KD3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Yayoi Accounting zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Yayoi Accounting verwendet werden.
Mit Yayoi Accounting können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Yayoi Accounting öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Yayoi Accounting unterstützten Dateiformat zu speichern.