Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. YanCEyDesktop unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von YanCEyDesktop unterstützten Basisdateien sind .QMK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in YanCEyDesktop zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von YanCEyDesktop verwendet werden.
Mit YanCEyDesktop können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über YanCEyDesktop öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von YanCEyDesktop unterstützten Dateiformat zu speichern.