Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Xenon unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Xenon unterstützten Basisdateien sind .C6. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Xenon zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Xenon verwendet werden.
Mit Xenon können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Xenon öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Xenon unterstützten Dateiformat zu speichern.