Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. wyBuild unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von wyBuild unterstützten Basisdateien sind .WYC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in wyBuild zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von wyBuild verwendet werden.
Mit wyBuild können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über wyBuild öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von wyBuild unterstützten Dateiformat zu speichern.