Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinVICE unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von WinVICE unterstützten Basisdateien sind .D64. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinVICE zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinVICE verwendet werden.
Mit WinVICE können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinVICE öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinVICE unterstützten Dateiformat zu speichern.