Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinUHA unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WinUHA unterstützten Basisdateien sind .WUL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinUHA zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinUHA verwendet werden.
Mit WinUHA können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinUHA öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinUHA unterstützten Dateiformat zu speichern.