Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Wintune unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Wintune unterstützten Basisdateien sind .WTA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Wintune zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Wintune verwendet werden.
Mit Wintune können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Wintune öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Wintune unterstützten Dateiformat zu speichern.