Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinSCP unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WinSCP unterstützten Basisdateien sind .FILEPART. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinSCP zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinSCP verwendet werden.
Mit WinSCP können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinSCP öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinSCP unterstützten Dateiformat zu speichern.