Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Winplot unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Winplot unterstützten Basisdateien sind .WP2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Winplot zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Winplot verwendet werden.
Mit Winplot können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Winplot öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Winplot unterstützten Dateiformat zu speichern.