Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinHex unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WinHex unterstützten Basisdateien sind .FML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinHex zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinHex verwendet werden.
Mit WinHex können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinHex öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinHex unterstützten Dateiformat zu speichern.