Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Wing Commander III unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Wing Commander III unterstützten Basisdateien sind .TRE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Wing Commander III zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Wing Commander III verwendet werden.
Mit Wing Commander III können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Wing Commander III öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Wing Commander III unterstützten Dateiformat zu speichern.