Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinExtractor unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von WinExtractor unterstützten Basisdateien sind .HBC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinExtractor zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinExtractor verwendet werden.
Mit WinExtractor können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinExtractor öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinExtractor unterstützten Dateiformat zu speichern.