Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Windows Media Encoder unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Windows Media Encoder unterstützten Basisdateien sind .WME. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Windows Media Encoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Windows Media Encoder verwendet werden.
Mit Windows Media Encoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Windows Media Encoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Windows Media Encoder unterstützten Dateiformat zu speichern.