Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinCAPS unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WinCAPS unterstützten Basisdateien sind .W32. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinCAPS zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinCAPS verwendet werden.
Mit WinCAPS können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinCAPS öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinCAPS unterstützten Dateiformat zu speichern.