Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WinAutomation unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WinAutomation unterstützten Basisdateien sind .WAJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WinAutomation zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WinAutomation verwendet werden.
Mit WinAutomation können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WinAutomation öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WinAutomation unterstützten Dateiformat zu speichern.