Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Win96 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Win96 unterstützten Basisdateien sind .P96. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Win96 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Win96 verwendet werden.
Mit Win96 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Win96 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Win96 unterstützten Dateiformat zu speichern.