Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Wii Backup Manager unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Wii Backup Manager unterstützten Basisdateien sind .WBFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Wii Backup Manager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Wii Backup Manager verwendet werden.
Mit Wii Backup Manager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Wii Backup Manager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Wii Backup Manager unterstützten Dateiformat zu speichern.