Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. WBFS Tool unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von WBFS Tool unterstützten Basisdateien sind .WBFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in WBFS Tool zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von WBFS Tool verwendet werden.
Mit WBFS Tool können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über WBFS Tool öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von WBFS Tool unterstützten Dateiformat zu speichern.