Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. VirtualDub unterstützt mindestens 13 verschiedene Dateiendungen. Die von VirtualDub unterstützten Basisdateien sind .MPG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in VirtualDub zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von VirtualDub verwendet werden.
Mit VirtualDub können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über VirtualDub öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von VirtualDub unterstützten Dateiformat zu speichern.