Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. VirtualDJ unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von VirtualDJ unterstützten Basisdateien sind .VDJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in VirtualDJ zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von VirtualDJ verwendet werden.
Mit VirtualDJ können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über VirtualDJ öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von VirtualDJ unterstützten Dateiformat zu speichern.