Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. UniChem unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von UniChem unterstützten Basisdateien sind .XYZ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in UniChem zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von UniChem verwendet werden.
Mit UniChem können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über UniChem öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von UniChem unterstützten Dateiformat zu speichern.