Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. UNetbootin unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von UNetbootin unterstützten Basisdateien sind .QKY. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in UNetbootin zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von UNetbootin verwendet werden.
Mit UNetbootin können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über UNetbootin öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von UNetbootin unterstützten Dateiformat zu speichern.