Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. UFO: Aftermath unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von UFO: Aftermath unterstützten Basisdateien sind .VFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in UFO: Aftermath zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von UFO: Aftermath verwendet werden.
Mit UFO: Aftermath können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über UFO: Aftermath öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von UFO: Aftermath unterstützten Dateiformat zu speichern.