Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. TuxGuitar unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von TuxGuitar unterstützten Basisdateien sind .GP4. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in TuxGuitar zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von TuxGuitar verwendet werden.
Mit TuxGuitar können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über TuxGuitar öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von TuxGuitar unterstützten Dateiformat zu speichern.