Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. TrialDirector unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von TrialDirector unterstützten Basisdateien sind .LOG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in TrialDirector zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von TrialDirector verwendet werden.
Mit TrialDirector können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über TrialDirector öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von TrialDirector unterstützten Dateiformat zu speichern.