Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. TreeComp unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von TreeComp unterstützten Basisdateien sind .TCS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in TreeComp zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von TreeComp verwendet werden.
Mit TreeComp können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über TreeComp öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von TreeComp unterstützten Dateiformat zu speichern.