Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Transcoder unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von Transcoder unterstützten Basisdateien sind .MKV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Transcoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Transcoder verwendet werden.
Mit Transcoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Transcoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Transcoder unterstützten Dateiformat zu speichern.