Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Total Annihilation unterstützt mindestens 7 verschiedene Dateiendungen. Die von Total Annihilation unterstützten Basisdateien sind .TDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Total Annihilation zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Total Annihilation verwendet werden.
Mit Total Annihilation können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Total Annihilation öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Total Annihilation unterstützten Dateiformat zu speichern.