Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Tools E-Prime unterstützt mindestens 7 verschiedene Dateiendungen. Die von Tools E-Prime unterstützten Basisdateien sind .EDAT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Tools E-Prime zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Tools E-Prime verwendet werden.
Mit Tools E-Prime können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Tools E-Prime öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Tools E-Prime unterstützten Dateiformat zu speichern.