Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. TomeRaider unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von TomeRaider unterstützten Basisdateien sind .TR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in TomeRaider zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von TomeRaider verwendet werden.
Mit TomeRaider können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über TomeRaider öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von TomeRaider unterstützten Dateiformat zu speichern.