Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. TombRaider unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von TombRaider unterstützten Basisdateien sind .TR3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in TombRaider zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von TombRaider verwendet werden.
Mit TombRaider können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über TombRaider öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von TombRaider unterstützten Dateiformat zu speichern.