Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Timbuktu Pro unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von Timbuktu Pro unterstützten Basisdateien sind .TMB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Timbuktu Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Timbuktu Pro verwendet werden.
Mit Timbuktu Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Timbuktu Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Timbuktu Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.