Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ThinApp unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ThinApp unterstützten Basisdateien sind .TRACE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ThinApp zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ThinApp verwendet werden.
Mit ThinApp können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ThinApp öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ThinApp unterstützten Dateiformat zu speichern.