Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Taikojiro unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Taikojiro unterstützten Basisdateien sind .TJA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Taikojiro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Taikojiro verwendet werden.
Mit Taikojiro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Taikojiro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Taikojiro unterstützten Dateiformat zu speichern.