Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SysEx unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SysEx unterstützten Basisdateien sind .SYX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SysEx zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SysEx verwendet werden.
Mit SysEx können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SysEx öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SysEx unterstützten Dateiformat zu speichern.