Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Synaptic Package Manager unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Synaptic Package Manager unterstützten Basisdateien sind .DEB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Synaptic Package Manager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Synaptic Package Manager verwendet werden.
Mit Synaptic Package Manager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Synaptic Package Manager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Synaptic Package Manager unterstützten Dateiformat zu speichern.