Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SWFTools unterstützt mindestens 9 verschiedene Dateiendungen. Die von SWFTools unterstützten Basisdateien sind .SWF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SWFTools zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SWFTools verwendet werden.
Mit SWFTools können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SWFTools öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SWFTools unterstützten Dateiformat zu speichern.