Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Super Smash Flash unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Super Smash Flash unterstützten Basisdateien sind .SSFSAV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Super Smash Flash zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Super Smash Flash verwendet werden.
Mit Super Smash Flash können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Super Smash Flash öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Super Smash Flash unterstützten Dateiformat zu speichern.