Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SubCleaner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SubCleaner unterstützten Basisdateien sind .SRT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SubCleaner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SubCleaner verwendet werden.
Mit SubCleaner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SubCleaner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SubCleaner unterstützten Dateiformat zu speichern.