Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. StuffIt Expander unterstützt mindestens 67 verschiedene Dateiendungen. Die von StuffIt Expander unterstützten Basisdateien sind .Z. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in StuffIt Expander zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von StuffIt Expander verwendet werden.
Mit StuffIt Expander können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über StuffIt Expander öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von StuffIt Expander unterstützten Dateiformat zu speichern.